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【Cell Res】清华大学俞立团队发现新的小细胞外囊泡——Retractosomes

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已知各种细胞突起会产生细胞外囊泡。细胞在迁移过程中会产生回缩纤维(RF)和迁移体(migrasomes)。细胞迁移离开后,大量RF从细胞中脱落并留下。RF与细胞分离后的命运目前尚不清楚。

 

为了研究RF的命运,清华大学生命科学学院俞立教授团队近日在Cell Research杂志发表文章,通过活细胞成像观察了Tspan4过表达的L929细胞。在迁移过程中,RFs在细胞的后缘被拉出,并且很快在RFs的尖端或分支点上形成迁移体。在这个阶段,Tspan4信号沿RF均匀分布。最终,RF开始中断。在大多数情况下,远离细胞的RF部分首先破裂,这并不奇怪,因为这些RF部分形成得更早。有趣的是,在RF分解后,Tspan4信号沿RF占据的路径显示为大量小斑点。

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回缩纤维(RF)的断裂

为了研究这些RF斑点的形态,作者进行了扫描电子显微镜(SEM)分析。在RF的远端,留下大量圆形的小细胞外囊泡;在许多情况下,这些囊泡像一串珠子一样连接在一起。

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表达Tspan4-GFP的L929细胞的SEM分析

为了检查这些囊泡是否具有连续膜,作者进行了透射电子显微镜(TEM)。TEM显示这些囊泡确实具有连续的膜,因此它们是真正的囊泡而不是破裂的膜碎片。冷冻TEM分析可以更好地保留精细膜结构的形态,进一步证实RF斑点是小的细胞外囊泡。这些囊泡比迁移体小得多,大小从50nm到250nm不等。这些数据表明,当RF破裂时,它们会形成一种以前未报道过的细胞外囊泡。与迁移体类似,这些小的细胞外囊泡是迁移依赖性的。因此,作者将这些囊泡命名为“retractosomes(姑且翻译为回缩小体)”,以反映它们的RF和质膜起源。在低温TEM下经常观察到串珠结构。这表明,在断裂之前,RF经历了一个形态转变阶段,RF的部分凸出成小囊泡,可能形成回缩小体。

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表达Tspan4-GFP的L929细胞的TEM分析

迁移体的形成是由富含四跨膜蛋白的大结构域的组装驱动的,而Tspan4的过表达可以显著增强迁移体和RF的形成。为了测试四跨膜蛋白是否也参与回缩小体的形成,作者在L929细胞中过表达了Tspan4-GFP。与迁移体类似,Tspan4-GFP富含于回缩小体。使用共振扫描模式的活细胞成像显示Tspan4在RF中断之前开始沿RF凝聚并富含斑点;这些斑点最终成为回缩小体。此外,Tspan4的过表达显著增强了迁移体和回缩小体的形成。这种对回缩小体的影响主要是由于增强的RF形成。在过表达Tspan4的细胞中,RF的总长度增加了2.68倍,然后分解成更多的回缩小体。

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在共振扫描模式下获得的表达Tspan4-GFP的细胞的RF延时图像。箭头表示RF断裂以形成缩回体

接下来,作者研究了回缩小体的蛋白质组成。为了分离回缩小体,首先去除培养基并用PBS清洗细胞,从而去除大部分小细胞外囊泡(EV)。接下来,收集细胞并进行两步低速离心以去除细胞体和大碎片。通过使样品通过0.22-µm过滤器来去除迁移体。最后,为了收集回缩小体,进行高速离心。虽然这种分离方案产生了回缩小体和断裂RF的混合物,但回缩小体是由断裂产生的RFs,因此该样本的蛋白质组成应与回缩小体的蛋白质组成基本相同。通过电子显微镜检查样品,发现分离的回缩小体囊泡的大小从50nm到250nm不等。分离的retractosomes的形态和大小与培养细胞中的retractosomes非常相似。分离的回缩小体小于迁移体,但略大于小型EV。为了进一步检查回缩小体的纯度,使用针对各种迁移体和小型EV标记的抗体进行了蛋白质印迹分析。分离的回缩小体含有非常低水平的Tsg101、CD63和Syntenin-1蛋白,这是小型EV的三个公认标记物。因此,分离的回缩小体没有受到大量小型EV的污染。虽然分离的回缩小体包含迁移体标记,如Pigk、Eogt和PCCA、PCCA和在某种程度上Eogt,与迁移体部分相比,回缩小体部分的富集度往往较低。此外,迁移体部分中存在少量线粒体蛋白Tim23,这可能是由于基础水平的有丝分裂,这是一种迁移受损线粒体的迁移体依赖性机制,而在回缩体部分中无法检测到Tim23。

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对纯化的小EV和回缩小体的直径进行量化;通过蛋白质印迹分析细胞体、纯化的迁移体、小型EV和回缩小体样品中标志性蛋白

接下来,作者对回缩小体进行质谱分析,发现回缩小体的蛋白质谱与细胞体的蛋白质谱显著不同:与细胞体相比,回缩小体中富集了1107种蛋白质,而回缩小体中缺乏1309种蛋白质。我们对分离的小型EV和迁移体进行了定量质谱分析发现,retractosomes的蛋白质组成与migrasomes具有显著相似性,但与小型EV的蛋白质组成非常不同。

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细胞体、迁移体、小型EV和回缩小体蛋白质组成的主成分分析

在斑马鱼胚胎发育过程中,迁移体通过在空间受限的位置富集和释放趋化因子来调节器官发生。因此,作者测试了回缩小体是否也含有趋化因子。为此,使用了D2SC细胞,这是一种表达趋化因子Ccl2和Ccl9的树突细胞系。研究发现Ccl2和Ccl9都富含于迁移体。相反,一些但不是所有的回缩小体都含有这些趋化因子。作者此前报道了migrasomes含有mRNA,并且可以被SYTO14(一种核酸染料)染色。与migrasomes相比,retractosomes没有显示SYTO14信号。因此,retractosomes具有与migrasomes不同的货物组成。

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D2SC细胞中内源性Ccl2的免疫染色,放大的图像显示了迁移体(顶部)和回缩体(底部);用WGA488和SYTO14染色的L929细胞的代表性图像,放大的图像显示了迁移体(顶部)和回缩体(底部)。

迁移细胞可以产生回缩小体和小型EV。作者研究了由相同培养细胞产生的回缩小体和小型EV的相对数量。通过蛋白质印迹检查分离的小EV和回缩小体的纯度。根据总蛋白质浓度估计小型EV中的蛋白质总量大约是回缩小体中的三倍。

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纯化的migrasomes、retractosomes和小型EV的质量控制蛋白质印迹;基于总蛋白质量的小型EV与回体缩的比率

到目前为止,已经使用各种方法来分离小型EV。回缩小体和小型EV的相似大小可能会产生回缩小体和小型EV的混合群体。为了测试这种可能性,作者使用各种广泛使用的方法分离了小型EV,然后通过检查迁移体/回缩体标记Eogt和Pigk的存在来评估回缩体污染。作为对照,还检查了小型EV标记Alix和Syntenin-1。研究发现retractosomes没有显著污染按照广泛使用的方法制备的小EV部分。

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从培养基中纯化的小型EV不含大量的缩回体

总之,该研究描述了回缩小体(retractosomes)的发现,这是一种由断裂的RF产生的小细胞外囊泡。回缩小体的生理功能仍有待确定。

相关报道:【Cell】清华大学俞立教授:迁移小体介导线粒体质量控制过程

参考文献:

WangY, Gao S, Liu Y, Wang D, Liu B, Jiang D, Wong CCL, Chen Y, Yu L. Retractosomes:small extracellular vesicles generated from broken-off retraction fibers. CellRes. 2022 May 4. doi: 10.1038/s41422-022-00666-2. PMID: 35508505.

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